L'Istituto teologico San Tommaso nasce nel 1932 per la preparazione degli Studenti salesiani. Queste le principali tappe storiche dell'istituto.

1950 L'Istituto Teologico "S. Tommaso D'Aquino" in Messina č sorto, ad iniziativa della Ispettoria Salesiana di Sicilia, come Istituto Teologico Salesiano.
1968 Una convenzione tra l'Arcidiocesi di Messina, la Provincia messinese dei Padri Cappuccini e l'Ispettoria Salesiana Sicula unificava i tre rispettivi Studi Teologici, costituendo l'Istituto Teologico "S. Tommaso D'Aquino".
1969 L'Istituto č stato affiliato alla Facoltā di Teologia dell'Universitā Pontificia Salesiana (UPS) di Roma con decreto della Sacra Congregazione per l'Educazione Cattolica del 24 ottobre 1969.
1972 L'Istituto dava inizio a un Centro Catechistico per un vasto impegno di promozione della catechesi a favore della Famiglia Salesiana e delle Chiese locali di Sicilia e di Calabria.
1981-1982 Č l'anno dell'inizio dell'esperimento di un biennio di specializzazione in Scienze Catechetiche.
1985 Con decreto del 15 agosto 1985, la Sacra Congregazione per l'Educazione Cattolica ha aggregato l'Istituto alla Facoltā di Teologia della Universitā Pontificia Salesiana.
2004 Attestato della Congregatio de Institutione Catholica (prot. 350/85/53) di personalitā giuridica canonica. 
22 marzo 2005 Decreto di riconoscimento della personalitā giuridica del Ministero dell'Interno della Repubblica Italiana - Iscrizione tra le persone giuridiche della Prefettura di Messina (29 aprile 2005) 
11 maggio 2007 firma della Nuova Convenzione tra l'Ispettoria Salesiana Sicula, l'Arcidiocesi di Messina L. - S.M. e la Diocesi di Patti Scopo del curricolo di Teologia: - formazione culturale teologica, con possibilitā di acquisire i gradi accademici - specializzazione in Scienze Catechetiche (con particolare attenzione alla comunicazione, alla formazione liturgica, alla condizione giovanile, al Meridione d'Italia) 

Obiettivo del curricolum di Teologia:
- formazione culturale teologica, con possibilitā di acquisire i gradi accademici;
- specializzazione in Scienze Catechetiche (con particolare attenzione alla comunicazione, alla formazione liturgica, alla condizione giovanile, al Meridione d'Italia).